Film pokazuje kulisy ataku terrorystycznego na Nowy Jork 11 września 2001 r. Przedstawione są sylwetki inicjatorów i wykonawców zamachu, a także napięcia i konflikty wewnątrz środowiska islamskich terrorystów. Tytułowa "Hamburska komórka" to, według wywiadów USA i Niemiec, grupa radykalnych islamskich studentów, którzy stali się później jednymi z wykonawców planu ataku terrorystycznego na wieże World Trade Center i gmach Pentagonu.